掃描電鏡樣品在制備、搬運或觀察過程中容易受到油污、灰塵、有機物或金屬微粒等污染，這些污染不僅會影響成像清晰度，還可能導致電荷積聚、對比度下降或出現偽影。因此，在進行觀察前，樣品的清潔處理十分關鍵。

首先，應根據樣品材質選擇合適的清潔方式。對于金屬、陶瓷等硬質樣品，可采用超聲波清洗。將樣品放入異丙醇、丙酮或去離子水等清洗液中，用超聲波振動清除表面附著的油脂與塵粒。清洗時間一般控制在幾分鐘以內，以避免樣品結構受損。清洗后應使用潔凈的氮氣或空氣輕輕吹干，防止水漬殘留。

其次，對于生物樣品或柔軟材料，應采用低侵蝕性的清潔方法。可以用干凈的濾紙、棉簽或氮氣流輕輕拂去灰塵，避免使用強溶劑或超聲，以免損傷樣品表面結構。如果樣品允許，可使用低能等離子清洗（如氧等離子體）去除表面有機污染物，此法能有效改善導電性與成像對比。

此外，真空環境下的電子束污染也常見，尤其在樣品含有殘留有機物時。此時應提前在真空烘箱中進行烘干處理，去除揮發性物質，或在顯微鏡內進行預輻照清除。對于重復使用的樣品臺、樣品夾等附件，也應定期用溶劑或等離子清潔，以避免二次污染。

需注意清潔完成后樣品應放置在潔凈、防塵、低濕環境中儲存，盡量減少與空氣和手接觸。不同類型的樣品對清潔方法的耐受性和適用性差異較大，不同品牌設備對樣品前處理的要求也不盡相同，因此在操作前應根據樣品特性及儀器廠家建議選擇最合適的清潔方式，以確保成像質量穩定可靠。